Les recherches de Jean-Pierre portent sur le développement de la supersymétrie et de la supergravité et leurs applications en physique des interactions fondamentales. Il a fait des travaux de pionnier sur le rôle possible de la supersymétrie en physique des particules, sur la supergravité effective des compactifications de cordes et sur la rupture dynamique de la supersymétrie. Il a créé un groupe de recherche actif à l’Université de Neuchâtel, où il a été doyen de la Faculté des sciences et recteur. En 2008, il a co-créé le Centre Albert Einstein à l’Université de Berne. Depuis son post-doctorat à l’École normale supérieure, Jean-Pierre entretient une relation privilégiée avec les instituts parisiens, marquée par de nombreux longs séjours.